关于科层制学术治理模式的功能障碍
1. 科层制的治理模式与大学这种高度专业化的组织结构并不完全相容，科层制在许多方面无法解释大学学术治理。首先，科层制大量阐述权威、法定化的规章制度和各种正式权力，但是决策过程中专业权威的影响却遭韦伯科层制模式忽略。其次，科层制把大学视为常规性的专业技术系统，认为教学、科研这个技术核心体系不过是标准化、常规化的技能活动过程，因而总是试图通过一系列科层程序规范这个技术体系。而实质上，大学是专业水平非常高的组织，其学术活动是复杂而丰富的，教学要求个性化、多元化以及不断变革，科研更是创新的复杂过程，需要高度的专业化的管理，并要求专业自主，决策分权。第三，科层制立足于组织的整体性，以固化的规则和纪律作为行动的出发点，形成等级严格的正式组织结构，其衡量标准是效率，是投入—产出的静态转变，而大学作为专业化程度非常高的组织，为有利于差异化创新，其组织结构应是松散耦合型的，学术活动的衡量标准是创造性、创新性，学术人立足所在学科专业领域的动态发展，在自身专业领域内享有权威和判断力。第四，科层制没有集中讨论决策模型，科层制可以解释确定后的决策是如何以最有效的方式实施，但是不能解释决策确立的过程以及大学内部那些想要政策决策向他们特殊利益倾斜的集群之间的斗争，而大学这种高度专业的组织是通过学术团队成员平等协商这一动力机制，而不是通过上下级结构做出决策、达成合作的。
社会日益不满科层制导致教育过程中学生人格被肢解。以拥有数以万计的学生和庞大科层组织的巨型大学为例，人们开始关注学生日益增强的孤独疏离感，众多学生的反叛深刻折射出学生与大学之间的分歧。伯克利学生用一句名言总结这种不满和渴求：“我是人——不可以折叠。”这种非人格化的教育使反对科层制的专家们以及学生群体都呼吁创新教育模式，增加师生之间的互动与直接沟通，将学生引导到与人格修养相关的领域。
2. 学术人以技术能力和专业知识为基础的权威与管理人员以拥有等级职位为基础的权威之间的潜在冲突。专业权威与科层权威来源不同，帕森斯最先注意到源于职务岗位的“职务能力”与源于专业知识的技术能力之间的差异，比如，大学教授依赖他们的专业知识而不是职务岗位获得权威，而科层人员权限是由法令清楚规定的。
科层制的基本假设是，每一位下属的技术性专业知识都不及其上级。这一假设当然不适用于大学。相反，在大学这种高度专业化、专家学者云集的学术组织机构中，教授等专业人员比那些拥有很高地位的管理人员更有能力、专业技术知识更丰富、享有更高的权威。而按照这种科层制假设治理大学，自然会造成学术人员与管理人员之间的气氛紧张。
3. “专业知识的自治”与“科层纪律和控制”的冲突。专业自治是最早的学术治理模式。大学（拉丁文universitas）一词的原意就是教师或学生的行会、社团、协会，其不受外来干涉而具有自我管理的权限，专业人员依据学术共同体的规范而形成自我规范性承诺，其根本的目的是保持学术自由。无论大学的具体组织形式如何演变，大学一直沿袭这一精神气质。
教学科研本质上是一种精神技能，理想的大学则是学术人构筑的赖以栖身的学术共同体。学术人具有很强的专业技术能力、可信任度、专业知识、责任感以及服务意识，有能力做出重大决策，能够有效监管自己的工作，具备团队合作精神。因此，学术人期望控制工作中的决策，期望决策自主。他们的行为植根于其专业知识，遵循学术理论准则并指导自己的行为，基本上对自己的专业负责。而科层人员行为的根本基础是组织规章制度的一致性与上级的认可。这样，学术人的专业化与管理人员的科层化之间存在潜在的不相容性，而且只要科层制权威占主导地位，这种紧张关系必然存在。
学术治理的本质应集中在帮助而不是命令学术人改进他们的教学科研工作。许多研究表明，过分严密的控制和管理被学术人认为是对他们专业自主的侵犯，学术人非常看重基于专业能力的权威，远甚于其他专业群体，对学术人实行严格的控制并不能促进他们对大学的信任和忠诚，相反，支持性和帮助性的管理却能够做到这一点。
当按照科层制管理学术专业人员时，学术人渴望设计一种完全不同于典型科层制的结构组织。这种结构与设计精密的科层制不同，组织权威是粗略的，在正式场合，成员之间是平等的，授予学术人自主决策的专业能力以及从组织的限制中获得对专业的自由和控制。
4. 科层制的非人格化、归训化遏制了学术人的进取精神、创新性和专业发展。科层化程度非常高的大学，因强调科层权威就会牺牲专业权威，以职位和等级制度为基础建立集权性的组织权威结构，管理层构建一系列刚性的、控制的、独裁的、以惩罚为主的、强化顺从的、根除不服从行为的规则与程序，强有力地控制和约束学术人，单向沟通，管理者掌握最终的决策权并单方面决策。通过强制的手段来推行教学活动，对学术人实行非人格化、归训化的塑造，将探究新观点、新目标、新能力的学术活动纳入一种机械等级秩序的模式中，将创造性的学术活动程序化、技术化，希望学术人无条件地执行命令，以获得组织的相对稳定和一致性。这使学术人丧失对自己职业活动的自主权和专业权威，陷入职业角色的冲突与压力中，而产生失落感与疏离感，逃避冲突，寻求规则背后的安全，牺牲其进取精神。这样管理层的权力得到加强，学术人的权威被削弱，管理过程充满怀疑、控制与惩罚。
5. 科层制的组织逻辑与学术人的专业领域权威的整合之间必然形成矛盾冲突。科层组织成员之间是一种上下级垂直领导与服从的关系，而专业权威组织成员之间是一种松散、流动、非正式、水平而非垂直的平等合作关系。在大学内部每个学术人只是一个普通的学者，工作中处于从属地位，接受科层制成员的领导。但是在课堂上、在科研项目中，每个学术人都是一个“权力”中心，他们享有专业权威和自主判断决策权威，可以决定“教什么”、“如何教”，并受人尊敬。在学术人的学科领域和职业领域中，工作中的组织从属地位与专业领域的权威必然形成极大的矛盾，学术人明显意识到这种矛盾，他们反感这种从属地位，因为这使他们感到失去尊严。
四、 学术治理中的专业自治与科层制控制的平衡
科层制学术治理的功能障碍突出表现在专业权威与科层权威之间的冲突，因此，解决大学科层制功能障碍的关键举措是建立专业化与科层化水平都很高的理想的大学结构，使集权化力量和专业力量达成平衡，二者相互补充，等级、规则、程序、非人格化等科层特征与学术人的技术能力和专业化相互补充，管理人员与学术人根据共同的利益和目标共同决策，大学内部各组成部分之间联系的紧密度适中，可预测的学校的效能度高。