项目结题后要进行考核，评价科研经费投入与产出是否合理。最好能参照国外医院相对完善的评价体系，要在定性考核的同时加强定量分析，特别是在科研原材料采购、人员经费、专用业务费投入方面，借鉴企业管理中的标准成本法来进行考核。（1）科研原材料标准成本的计算。计算公式：科研原材料标准成本=各种原材料的标准数量×标准价格。（2）科研人员费标准成本的计算。计算公式：科研人员费标准成本=各阶段标准工时×标准工资率；标准工资率=工资总额÷工时总数。（3）科研专用业务费标准成本的计算。计算公式：标准专项业务费用率=专项业务费用总额÷计划科研收入。(4)科研标准成本=原材料标准成本+人员费标准成本+专项业务费标准成本+管理费标准成本+其他费用标准成本。这样的评价标准更能反映科研活动的效率。
科研部门要根据医院的具体情况制定详细的科研资金使用规定，使资金的使用有章可循，有“法”可依，坚决杜绝资金滥用。使科研人员明白科研经费的使用要遵循专款专用原则、勤俭节约和精打细算原则、效益原则、统一核算原则。
总之，医院要想方设法为科研工作提供足够的可自由支配的资金，同时,要有效监管资金的使用。达到自由但不随意，监管但不束缚，使科研工作真正能成为医院综合实力不断提升的强劲推动力。对于基层三甲医院更重要的是利用好有限的科技资金迅速提升科研实力和水平，为进一步争取国家级的科研项目提供条件。
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